 |
|
| PDBj Helpこのページは，PDBj（日本蛋白質構造データバンク） で提供される各種サービスの解説とチュートリアルをまとめたものです． PDBjのサービスには以下のようなものがあります。
など。 基本的な使い方にPDBjで提供しているサービスの利用方法について簡単に記しています。 PDBjについてPDBj は日本蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank Japan）の略です。 PDBj のウェブサイトにアクセスすると、 高分子の構造データ取得、実験データの登録、その他の様々な構造に関するバイオインフォマティクスウェブサービスを利用することができます。 PDBj は 世界蛋白質構造データバンク(Worldwide PDB)の一員です。 PDBjのサービスの多くはpdbMLplusと呼ばれるXML(eXtensible Markup Language)ファイルに基づいて提供されています。pdbMLplusはPDBMLに基づいています。 検索サービスとソフトウェアPDBエントリー検索（xPSSS）xPSSS は、PDB ID やキーワードなどを指定してPDBエントリーを検索するツールです。使い方については基本的な使い方もご覧下さい。 Sequence NavigatorSequence Navigator 似た配列を持つ分子を検索するツールです。 Structure NavigatorStructure Navigator 似た立体構造を持つ分子を検索するツールです。 EM NavigatorEM Navigator 電子顕微鏡による分子の立体構造を閲覧するためのツールです。 jV (PDBj Viewer)jV タンパク質や核酸分子の立体構造を視覚化し、対話的な操作を実現するソフトウェアです。ソフトウェア単体で動作させることも、ウェブブラウザ上でJavaアップレットとして動作させることもできます。 Protein GlobeProtein Globe はPDBjおよびその他関連サービスを利用するための視覚的インタフェースを提供します。 このサービスはjVとJavaアップレットを使っているため、利用にはそれらが動作する環境が必要です。 ASHASH は３次元構造アライメントを行うプログラムです。 ASHホームページ上で処理することも、ソフトウェアをダウンロードして利用することもできます。 いずれも無料で利用できます。 データ登録ADITADIT はウェブブラウザを使って、タンパク質の構造情報をPDBに登録するツールです。 NMRで決定された構造の登録にはこちらではなく、ADIT-NMRを使って下さい。 ADIT-NMRADIT-NMR はウェブブラウザを使って、NMRによって決定されたタンパク質などの構造情報をPDBとBMRBに登録するツールです。 関連データベースBMRB生体分子のNMRデータベースです。 eF-siteタンパク質の機能部位に関する電子表面形状データベースです。 eF-surf分子の静電ポテンシャルと分子表面を計算するウェブサービスです。 eF-seek似たリガンド結合部位を検索するウェブサービスです。 eProtSeProtS は「蛋白質構造百科事典（Encyclopedia of Protein Structures）」の略です。 wikiに基づくシステムを用いており、タンパク質の構造に関する解説を登録することができます。一般の方を対象としています。 ProModeタンパク質の基準振動解析データベースです。 Molecule of MonthRCSBで作成されている、月替わりの分子構造紹介記事です。 PDBjにて日本語に訳しています。 →こちら |